本所於112年9月15日組織改造，組織異動說明如下：
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組改前單位名稱 |
組改後單位名稱 |
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運輸計畫組 |
運輸計畫及陸運組 |
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運輸工程組 |
運輸工程及海空運組 |
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運輸安全組 |
運輸安全組 |
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運輸經營管理組 |
運輸經營及管理組 |
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運輸資訊組 |
運輸科技及資訊組 |
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綜合技術組 |
運輸能源及環境組 |
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港灣技術研究中心 |
運輸技術研究中心 |
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政風室 |
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主計室 |
主計室 |
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人事室 |
人事室 |
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秘書室 |
秘書室 |